Un dels més fascinants i enigmàtics en els sectors Machupicchu és el del "Còndor", situada cap al sud-est de la "morters". El "Temple del Còndor" forma una mica així com un laberint on en la seva part inferior i central hi ha una escultura en un aflorament de granit amb la forma d'un Còndor Andino amb un pic, el clàssic coll blanc al voltant del seu coll i el seu cos sencer. Darrere, hi ha dues grans roques que l'envolten, que representen les seves ales, donant la impressió de ser un aterratge còndor. És evident que aquest era un lloc sagrat construït a propòsit per tal de retre culte al "APU Kuntur" (Còndor Déu) que va ser un dels tres animals sagrats de l'Inkan Societat juntament amb el Puma (puma o lleó de muntanya) i la Serp per la qual cosa el seu deure era estrictament religiós. El Còndor Andino ha estat i segueix sent una divinitat dels Andes altes, però les cerimònies portades a terme per l'adoració que en l'antiguitat es desconeix. No obstant això, avui el poble andí d'algunes aldees ocultes en les terres altes del Perú anualment porten a terme la seva festivitat anomenada "Yawar Festa" o "Festa de Sang" (vegeu el capítol del Còndor Andino), en la qual la vida Còndor es venera de manera molt especial. D'altra banda, altres autors suggereixen que aquí es Machupicchu la "presó". S'argumenta que en aquest lloc havia Pumas i potser també serps, per la qual cosa es castiga als que es van quedar dins i havia de morir inexorablement, després d'aquestes persones van morir, més de còndors aterrar aquí i algunes altres aus de rapinya per devorar les restes de la castigat becaris. S'afirma que aquí hi ha dos tipus de càstig i que els nínxols amb forats petits en els seus brancals que es troben en els Còndor de l'esquerra serveix per lligar les mans dels sancionats (els nínxols van ser originalment coberta amb un sostre). A més, s'argumenta que els altres nínxols més alts en la paret posterior que tenen una petita obertura del darrere serveix per un altre càstig diferent: els "murs" del castigat becaris, als que s'insereix dins de parets i els nínxols amb la cara cap a la part superior obertures que els serveix per respirar i consumir aliments. Inkan vegades en aquest sector era complementari al "Temple del Còndor", i degut a la seva ubicació i les seves múltiples característiques d'aquest complex ha d'haver dut a terme un ritual de gran deure i no el d'una "presó".