De acuerdo con nuestra historia, en 1536 Manko Inka o Manko II comenzó la guerra contra los invasores españoles, llevando a cabo el famoso sitio de la ciudad en la que Manko estuvo a punto de conseguir su victoria final. Pero, después de 8 meses de guerra sangrienta que fue derrotado por los españoles y sus tribus aliadas (viejos enemigos de los Incas). El retiro fue inevitable y Manko disolvió el bruto de su ejército para que los soldados pudieran cuidar de sus familias, y dedicar su tiempo a la agricultura. Manko Inka batirse en retirada hacia Vilcabamba (Willkapanpa) Chinchero la siguiente manera y pasando por Ollantaytambo, donde ganó una victoriosa batalla sobre los españoles y, finalmente, fue profundamente en la selva, estableciendo así su nuevo centro de operaciones. La sangrienta guerra entre los incas y los españoles siguieron. Manko fue asesinado en 1545 por algunos Diego de Almagro (socio de Pizarro y la conquista) que eran seguidores fugitivos a los que el Inka había heathenly celebra después de su derrota y la condena a muerte por haber asesinado a Francisco Pizarro en Lima y por haber se rebeló contra el orden colonial establecido. Manko fue sucedido por su hijo Sayri Tupaq que fue persuadido por algunos de sus parientes de Qosqo (fieles a la corona española) para acordar con el vicepresidente la autoridad real. Viajó a Lima y mantuvo una reunión con el virrey que le concedió algunos privilegios y el Marquesado Oropesa que comprendía las tierras de la actual distritos de Yucay, Urubamba, Maras y Chinchero. Aparentemente satisfecho, construyó su palacio de adobe en Yucay pero murió en 1560, quizás envenenado por los quechuas se oponen al acuerdo con los invasores. Después de la muerte de Sayri Tupaq, su hermano Titu Kusi Yupanki asumió el poder. El nuevo Inka vivienda en Vilcabamba también admitió comités políticos y religiosos de Qosqo y Lima con el fin de llegar a un acuerdo con el Virrey. En 1568 fue bautizado en la cristiana, y el nombre de Diego Castro, por ese tiempo murió a causa de una enfermedad luego de ser sucedido por su hermano Tupaq Amaru paso. Tupaq Amaru era demasiado joven y sin experiencia y fue asesorado por un grupo de veteranos que vieron los conquistadores en su enemigo implacable y continuaron con su guerra. El virrey ordenó la captura del Inka enviando un ejército de casi 300 soldados, dirigida por Martin Hurtado de Arbieto y el capitán Martín García Oñaz de Loyola, que llegó a Vilcabamba dando diferentes batallas, pero el Inka y su familia habían dejado aún más lejos en el interior del bosque. Pero, finalmente, el último monarca quechua fue capturado y llevado a Qosqo junto con sus seguidores por el mismo García Oñaz de Loyola (quien después se casó con Beatriz Coya, sobrina de Tupaq Amaru y heredera del Marquesado de Oropesa). Después de un rápido juicio fue condenado a muerte y posteriormente decapitado en la gran ciudad de la plaza antes de la fría mirada de Virrey Toledo el 24 de septiembre de 1572. Sus restos fueron mantenidos en la Iglesia de Santo Domingo y, por consiguiente, el último hombre de la dinastía Inkan fue asesinado, después de 36 años de guerra, dispuestos a recuperar la nación quechua.