Uno de los más fascinantes y enigmáticos en los sectores Machupicchu es el del "Cóndor", ubicada hacia el sureste de la "morteros". El "Templo del Cóndor" forma algo así como un laberinto donde en su parte inferior y central existe una escultura en un afloramiento de granito con la forma de un Cóndor Andino con un pico, el clásico cuello blanco alrededor de su cuello y su cuerpo entero. Detrás, hay dos grandes rocas que lo rodean, que representan sus alas, dando la impresión de ser un aterrizaje cóndor. Es evidente que este era un lugar sagrado construido a propósito con el fin de rendir culto al "Apu Kuntur" (Cóndor Dios) que fue uno de los tres animales sagrados de la Inkan Sociedad junto con el Puma (puma o león de montaña) y la Serpiente por lo que su deber era estrictamente religioso. El Cóndor Andino ha sido y sigue siendo una divinidad de los Andes altas, pero las ceremonias llevadas a cabo para la adoración que en la antigüedad se desconoce. Sin embargo, hoy el pueblo andino de algunas aldeas ocultas en las tierras altas del Perú anualmente llevan a cabo su festividad denominada "Yawar Fiesta" o "Fiesta de Sangre" (véase el capítulo del Cóndor Andino), en la que la vida Cóndor se venera de manera muy especial. Por otra parte, otros autores sugieren que aquí se Machupicchu la "cárcel". Se argumenta que en este lugar había pumas y quizás también serpientes, por lo que se castiga a los que se quedaron dentro y tenía que morir inexorablemente, después de esas personas murieron, más de Cóndores aterrizó aquí y algunas otras aves de rapiña para devorar los restos de la castigado becarios. Se afirma que aquí existen dos tipos de castigo y que los nichos con agujeros pequeños en sus jambas que se encuentran en los Cóndor de la izquierda sirve para atar las manos de los sancionados (los nichos fueron originalmente cubierta con un techo). Además, se argumenta que los otros nichos más altos en la pared posterior que tienen una pequeña apertura trasera sirve para otro castigo diferente: los "muros" del castigado becarios, a los que se inserta dentro de paredes y los nichos con la cara hacia la parte superior aberturas que les sirve para respirar y consumir alimentos. Inkan veces en este sector era complementario al "Templo del Cóndor", y debido a su ubicación y sus múltiples características de este complejo debe haber llevado a cabo un ritual de gran deber y no el de una "cárcel".