Segons la història, Inkan vegades a la Gran Plaça del Qosqo va ser envoltat pels Reis' palaus, construïts amb la finalitat de protegir als seus "Panaka" real o famílies extenses. Un dels palaus era el "Kiswarkancha" pertanyent al Inka Wiraqocha; en la seva part oriental que hi havia un edifici en forma circular anomenat "Suntur Wasi" que era una cosa així com una casa d'armes i escuts d'armes. L'actual catedral i les seves dues petites esglésies van ser construïdes sobre els dos edificis originals. Un espai per a la construcció de la Catedral es va indicar en el moment de la refundació espanyola de la ciutat en 1534. L'espai que corresponia a la "Suntur Wasi", on efectivament l'antiga petita església fou construïda. Posteriorment, la necessitat de culte portat a l'adquisició de terres prop de l'església per tal de construir l'actual Catedral Basílica Santa que es va iniciar en 1560, en una superfície d'uns 4.000 m² (1 acre), i amb dissenys originals realitzats per l'arquitecte Juan Miguel de Veramendi. Algun temps abans, el Consell de la Ciutat de Església havien acordat per al transport de pedres per a la construcció de la "fortalesa", és a dir, es va ordenar la demolició de Saqsaywaman per utilitzar les pedres de les seves parets fetes amb andesitas que s'utilitzaran en la construcció de la Catedral. Va ser acabada en 1654, després de 94 anys de treball amb diferents retards i molèsties, dissenyat i supervisat per arquitectes espanyols i sacerdots, però realitzat amb el treball, suor, llàgrimes i la sang dels Inques "descendents. Qosqo la catedral és, sens dubte, un dels més notables monuments colonials a Amèrica. La seva estructura pertany al renaixement, i la seva planta té forma de creu llatina, amb creuer que es comunica amb les seves dues esglésies laterals: la "Església del Triunfo" cap a l'est i la "Església de la Sagrada Família" cap a l'oest. Avui en dia, l'entrada per visitar el monument és a través de la "Església del Triunfo" que es troba precisament en el mateix espai de l'antiga església major feta sobre el "Suntur Wasi".