Lamentablemente, como en la mayoría de los pueblos o templos cerca de Qosqo, Chinchero fue destruido y modificado por el "idolatrías extirpators". Su destrucción empezó cuando Manko Inka después de su campaña en Qosqo decidió liberarse de sus soldados para que pudieran regresar a sus tierras de cultivo y cuidar de sus familias, se fue hacia Ollantaytambo y Chinchero pasando por la quema de forma que los invasores que estaban persiguiendo a él no podía haber ni alojamiento ni comida. Posteriormente, en 1572, Virrey Toledo fundó la "Doctrina de Nuestra Señora de Monserrat de Chinchero" y ordenó la construcción de la actual Iglesia Católica que fue terminado por los primeros años del siglo XVII, posiblemente en 1607, que se encuentra en el año la escritura sobre el arco principal en el interior de la iglesia. Toda la iglesia fue construida utilizando como cimientos la calizas finamente talladas que pertenecieron a un gran Inkan palacio. Las entrañas de la multa Inkan edificio se llenaron hasta tan alto como los techos de tierra traída de otros sectores. Fue en la década de 1960 cuando el palacio Inkan fue descubierto en virtud de la Iglesia Católica. El palacio Inkan debe haber sido muy importante porque en su fachada sur se enfrentan a la llanura presenta aberturas de triple jamba que por sí solos indican su categoría. Más al sur de la llanura hay dos "wakas" (santuarios) en afloramiento de piedra caliza tallada formaciones; hoy se conocen como "Chinkana" y "Titiqaqa". Hacia el oeste hay otro santuario como "Pumaqaqa" donde es posible observar en el in-situ de dos esculturas de roca que los Jefes pumas fueron mutilados. Más al oeste de la llanura mencionada existen, más aún, una gran cantidad de terrazas agrícolas que aún son cultivadas a pesar de haber perdido sus acueductos.