Los geólogos creen que la forma específica de las montañas es causada por las influencias del clima durante millones de años. La ruptura de las capas superiores de las formaciones de piedra caliza, seguida por los procesos de erosión, como resultado de estos restos en forma de conos. En la temporada de lluvias las colinas de chocolate son de color verde. En la estación seca de cada año, la vegetación de las colinas le da al paisaje una visión de color marrón, una razón para llamarlos "Chocolate Hills". A través de las tierras bajas llanuras costeras e interiores de montaña, las islas de las Filipinas tienen la más rica biodiversidad del planeta. Existen 510 especies de mamíferos, aves, ranas y lagartos que se encuentran sólo en las Filipinas. En comparación, Brasil tiene 725 especies únicas, pero es 28 veces más grande. Pero como muchos países, esta biodiversidad está en peligro. Las personas se están limpiando los hábitats naturales para dar paso a nuevas carreteras y los asentamientos, y utilizar los recursos naturales como la madera y los minerales. En la década de 1950, tres cuartas partes de las Filipinas fue cubierto por bosque primario. Hoy en día, la cubierta forestal se ha reducido a sólo un tercio de la tierra. Las colinas del chocolate son una de las formaciones terrestres más inusuales en Filipinas. Estas colinas en forma de huevo en la isla de Bohol recibe su apodo por su color tostado, marrón durante la estación seca. Es probable que una vez fueron depósitos de piedra caliza bajo el mar, levantado por el movimiento de las placas y luego suavizada por el viento y la erosión del agua de lluvia.