Lamentablement, com en la majoria dels pobles o temples prop de Qosqo, Chinchero va ser destruït i modificat pel "idolatria extirpators". La seva destrucció va començar quan manko Inka després de la seva campanya a Qosqo decidir alliberar dels seus soldats perquè poguessin tornar a les seves terres de conreu i tenir cura de les seves famílies, es va anar cap a Ollantaytambo i Chinchero passant per la crema de forma que els invasors que estaven perseguint a ell no podia haver ni allotjament ni menjar. Posteriorment, el 1572, Virrei Toledo fundar la "Doctrina de Nostra Senyora de Montserrat de Chinchero" i va ordenar la construcció de l'actual Església Catòlica que va ser acabat pels primers anys del segle XVII, possiblement en 1607, que es troba a l'any l'escriptura sobre l'arc principal en l'interior de l'església. Tota l'església fou construïda utilitzant com a fonaments la calcàries finament tallades que van pertànyer a un gran Inkan palau. Les entranyes de la multa Inkan edifici es van omplir fins tan alt com els sostres de terra portada d'altres sectors. Va ser en la dècada de 1960 quan el palau Inkan va ser descobert en virtut de l'Església Catòlica. El palau Inkan ha d'haver estat molt important perquè en la seva façana sud s'enfronten a la plana presenta obertures de triple brancal que per si sols indiquen la seva categoria. Més al sud de la plana hi ha dos "wakas" (santuaris) a aflorament de pedra calcària tallada formacions; avui es coneixen com "Chinkana" i "Titiqaqa". Cap a l'oest hi ha un altre santuari com "Pumaqaqa" on és possible observar en l'in-situ de dues escultures de roca que els Caps Pumas van ser mutilats. Més a l'oest de la plana esmentada existeixen, més encara, una gran quantitat de terrasses agrícoles que encara són cultivades malgrat haver perdut els seus aqüeductes.