Cusco mostren alguns dels millors de pedra en l'imperi, també. La més petita pedra en el Qorikancha és un d'una polzada endoll, tal era la precisió dels picapedrers. Un altre exemple notable és la cara de pedra 12. En el moment de Pizarro va arribar en 1533 a Cusco, Cusco veritablement era el centre d'un florent imperi Inca que l'anomenat Tahuantinsuy (4 direccions). L'imperi s'estenia des Llac Tititcaca al sud del llac de Junín (en l'actualitat, Equador) al nord. Pizarro no va perdre temps en el saqueig de la ciutat, completament desposseït de tot l'or, la plata, i joies, i la destrucció de la majoria dels edificis. Tots els que queden són els fonaments de diverses estructures, les parets de les quals serveixen com a bases d'espanyol catedrals, convents i edificis governamentals. La destrucció de la ciutat del Cusco, no només van fer els conqueridors rics, sinó també eliminada l'activa cultura Inca i de religió, que el substitueixi amb la tradició i la norma espanyola.