El Santuari Nacional Històric de Machupicchu es troba sobre una gran estructura de granit orogénico batejat pel Dr Isaías Bowman com el "batolito Vilcapampa" que els afloraments més de prop de 400 km ² (154 milles ²). La seva formació pertany a l'escala de temps geològic al Paleozoic Inferior o primària, i poden tenir una edat aproximada de 250 milions d'anys. El batolito Vilcapampa blanc-gris del granit és una roca igne intrusiva (magma refredat en grans profunditats a l'interior de la terra); es tracta principalment de compostos de mitjana per 60% feldspat, el 30% de quars, i un 10% de l'mica. Granit que ha entrellaçat equigranular posseeix textura i del 6 ° a 7 ° de duresa en l'escala de MOHS amb una resistència de 1200 Kg / cm ². Així mateix, en aquesta regió hi ha altres roques que correspon a la del Paleozoic Inferior, com esquists, quarsita i conglomerats metamòrfics que podria tenir una edat de 350 a 450 milions d'anys. Machupicchu (com la majoria dels noms dels pobles quítxua i diferents llocs a la regió) és una paraula composta que prové de machu = vell o antic, i picchu = cresta o muntanya, per tant, Machupicchu es tradueix com "Muntanya Vieja". La famosa muntanya que es veu en front, i apareix en la majoria dels clàssics punts de vista de la pàgina s'anomena Waynapicchu (Muntanya Jove). Lamentablement l'original nom dels esmentats sectors s'han perdut, Machupicchu, Waynapicchu i altres noms propis utilitzats en l'actualitat són més contemporani; atribuir probablement pels agricultors que viuen a la regió abans de l'arribada de Bingham. Tanmateix, d'acord als estudis sobre alguns documents del segle XVI, el nom original de tota la zona podria ser "Picchu".