D'acord amb la nostra història, el 1536 manko Inka o manko II va començar la guerra contra els invasors espanyols, portant a terme el famós lloc de la ciutat en la qual manko va estar a punt d'aconseguir la seva victòria final. Però, després de 8 mesos de guerra sagnant que va ser derrotat pels espanyols i les seves tribus aliades (vells enemics dels Inques). El retir va ser inevitable i manko dissoldre el brut del seu exèrcit per a que els soldats poguessin tenir cura de les seves famílies, i dedicar el seu temps a l'agricultura. Manko Inka batre en retirada cap a Vilcabamba (Willkapanpa) Chinchero la següent manera i passant per Ollantaytambo, on va guanyar una victoriosa batalla sobre els espanyols i, finalment, va ser profundament a la selva, establint així el seu nou centre d'operacions. La sagnant guerra entre els inques i els espanyols van seguir. Manko va ser assassinat el 1545 per alguns Diego de Almagro (soci de Pizarro i la conquesta) que eren seguidors fugitius als quals l'Inka havia heathenly celebra després de la seva derrota i la condemna a mort per haver assassinat a Francisco Pizarro a Lima i per haver es rebel lar contra el ordre colonial establert. Manko va ser succeït pel seu fill Sayri Tupaq que va ser persuadit per alguns dels seus parents de Qosqo (fidels a la corona espanyola) per acordar amb el vicepresident l'autoritat real. Va viatjar a Lima i va mantenir una reunió amb el virrei que li va concedir alguns privilegis i el Marquesat Benicàssim que comprenia les terres de l'actual districtes de Yucay, Urubamba, Maras i Chinchero. Aparentment satisfet, va construir el seu palau de adobe en Yucay però va morir el 1560, potser enverinat pels quítxues s'oposen a l'acord amb els invasors. Després de la mort de Sayri Tupaq, el seu germà Titu Kusi Yupanki va assumir el poder. El nou Inka habitatge en Vilcabamba també va admetre comitès polítics i religiosos de Qosqo i Lima amb la finalitat d'arribar a un acord amb el Virrey. En 1568 va ser batejat en la cristiana, i el nom de Diego Castro, per aquest temps va morir a causa d'una malaltia després de ser succeït pel seu germà Tupaq Amaru pas. Tupaq Amaru era massa jove i sense experiència i va ser assessorat per un grup de veterans que van veure els conquistadors en el seu enemic implacable i van continuar amb la seva guerra. El virrei va ordenar la captura de l'Inka enviant un exèrcit de gairebé 300 soldats, dirigida per Martin Hurtado de Arbieto i el capità Martín García Oñaz de Loiola, que va arribar a Vilcabamba donant diferents batalles, però el Inka i la seva família havien deixat encara més lluny en l'interior del bosc. Però, finalment, l'últim monarca quítxua va ser capturat i portat a Qosqo juntament amb els seus seguidors pel mateix García Oñaz de Loiola (qui després es casà amb Beatriz Coya, neboda de Tupaq Amaru i hereva del Marquesado de Benicàssim). Després d'un ràpid judici va ser condemnat a mort i posteriorment decapitat a la gran ciutat de la plaça abans de la freda mirada de Virrei Toledo el 24 de setembre de 1572. Les seves restes van ser mantinguts a l'Església de Santo Domingo i, per tant, l'últim home de la dinastia Inkan va ser assassinat, després de 36 anys de guerra, disposats a recuperar la nació quítxua.