Bali va ser una societat més o menys independent de budistes i hindús fins al segle XIV, quan va ser colonitzada pels Majapahits, hindús estrictes de la veïna Java. Tot i el procés d'islamització posterior de gairebé tots els països veïns, Bali ha seguit sent fermament hindú des d'aleshores. El 1849, els holandesos van començar a mostrar interès a Bali i, el gener de 1909, ja controlaven tota l'illa. Després d'una breu ocupació japonesa durant la Segona Guerra Mundial i la posterior declaració d'independència d'Indonèsia el 1945, Bali es va convertir en un estat autònom dins de la República el 1948. Tanmateix, les tensions amb Java són contínues i existeix una preocupació pels empresaris adinerats de Djakarta (i el Oeste) que monopolitzen els beneficis de les nombroses atraccions de Bali. Tot això fa que els balineses temin que poden perdre el control de la seva terra. Aquestes tensions es van plasmar de manera terrorífica quan els radicals musulmans de Java van col locar bombes en dos dels clubs nocturns més populars de Kuta el 12 d'octubre de 2002. Van morir més de dues-centes persones i això va portar a l'economia de Bali, dependent del turisme, un declivi important. Tanmateix, no s'han produït represàlies i conflictes religiosos, degut en part al lideratge hindú, impressionantment equànime. A principis de 2005, el nombre de turistes va ser tan alt com sempre, encara que durà molt de temps més compensar el patiment produït per l'atemptat.